Le régime général de sécurité sociale est principalement financé par les cotisations des employeurs et des salariés, ainsi que par des subventions de l'État.
Pour les travailleurs soumis à l'ensemble des branches d'assurances (pensions, maladie invalidité, chômage, allocations familiales, accidents du travail et maladies professionnelles), il existe une cotisation globale. Par la suite cette cotisation globale est répartie entre les secteurs en fonction de leurs besoins financiers respectifs. En effet depuis le 1er janvier 1995 il existe une gestion financière globale qui fait que l'ONSS finance les branches de sécurité sociale en fonction de leurs besoins et non plus en fonction du pourcentage fixé. La cotisation est individualisée en fonction des risques uniquement pour les personnes qui ne sont pas assujetties à toutes les branches.
Aux cotisations et aux subventions de l'État, sont venues s'ajouter des recettes particulières dont le produit est directement, ou indirectement, affecté à l'un ou l'autre secteur de la sécurité sociale.
Outre les cotisations de sécurité sociale, l'Office national de sécurité sociale est également chargé de percevoir les cotisations destinées au financement du fonds d'indemnisation des travailleurs licenciés en cas de fermeture d'entreprise. Il recouvre également une cotisation sur tous les versements effectués par l'employeur afin d'octroyer à son personnel des avantages extra légaux en matière de vieillesse ou de décès prématuré. Il prélève également les cotisations établies en application de la loi concernant les fonds de sécurité d'existence.
Les fonds de sécurité d'existence sont institués par des décisions de commissions paritaires rendues obligatoires par arrêté royal. Les taux des cotisations de ces fonds varient selon les branches d'activité.
La cotisation salariale doit être retenue par l'employeur lors de chaque paiement de rémunération. L'employeur est responsable vis à vis de l'Office national de sécurité sociale du versement de la cotisation salariale et de la cotisation patronale.
Les employeurs ont la faculté d'accomplir leurs obligations relatives à la déclaration et au paiement des cotisations par l'intermédiaire des secrétariats sociaux d'employeurs. Ces secrétariats, qui doivent être agréés par le Ministre chargé de la sécurité sociale, sont constitués sous la forme d'associations à but non lucratif et ont pour objet de remplir, au nom et pour le compte de leurs membres, les formalités auxquelles ils sont tenus en leur qualité d'employeurs. Toutefois, l'employeur reste le seul responsable des sanctions civiles et pénales infligées en cas de non respect de ses obligations vis-à-vis de la législation de sécurité sociale.
Les cotisations de sécurité sociale sont versées sur la rémunération brute pour les "travailleurs intellectuels", et sur la rémunération brute majorée de 8 % pour les "travailleurs manuels".
Mis à part une assiette différente entre les travailleurs manuels et les travailleurs intellectuels, les employeurs sont également redevables pour les travailleurs manuels d'une cotisation de congés annuels. Cette cotisation, dont 6 % doivent être versés trimestriellement et 10,27 % versés annuellement, est destinée aux institutions du régime des vacances annuelles des ouvriers.
Le pécule vacances des ouvriers est en effet versé soit par l'office national des vacances annuelles, soit par une des caisses spéciales de vacances dont la création est autorisée par Arrêté royal.
Il existe également une retenue qui n'est pas affectée à une branche particulière et qui est destinée à l'équilibre financier de la sécurité sociale. Il s'agit notamment de la cotisation spéciale de sécurité sociale perçue sur les revenus des ménages.
L'assurance maladie maternité est financée, en fonction des besoins, sur la cotisation globale à la charge du salarié et de l'employeur.
Le financement de l'assurance maladie invalidité est également assuré par une cotisation sur les primes d'assurance automobile, une cotisation sur les primes relatives à l'assurance extralégale en matière d'hospitalisation (10 %), une cotisation sur les primes d'assurance contre les risques incendie, et risques connexes, une cotisation et une redevance à charge du secteur pharmaceutique.
Enfin depuis le 1er janvier 1995, une retenue soins de santé est opérée sur le montant total des pensions légales de vieillesse, de retraite, d'ancienneté, de survie ou sur tout avantage en tenant lieu. Son montant est calculé en fonction des revenus et des personnes à charge du titulaire. D'un montant en principe égal à 3,55%, elle est appliquée progressivement, à partir d'un seuil déterminé (pour une personne isolée : 1.306,12 euros, en cas de majoration pour charge de famille : 1.547,92 euros) afin que les revenus ne descendent pas en dessous d'un certain montant plancher.
Pour la branche des accidents du travail, les assureurs agréés sont financés par des primes payées uniquement par les employeurs et dont les montants varient en fonction des risques.
L'employeur doit assurer son personnel contre les risques accidents du travail.
L'assureur est maître de son tarif et la concurrence peut jouer entre les différents assureurs. La loi n'intervient que pour définir des règles uniformes d'indemnisation des victimes.
Le Fonds des Accidents du Travail et le Fonds des Maladies Professionnelles sont également financés en fonction des besoins, par la cotisation globale à la charge du salarié et de l'employeur.
Au financement sur la cotisation globale en fonction des besoins de la branche, vient s'ajouter une cotisation de 3,5 % effectuée sur les indemnités d'invalidité et sur les pré-pensions. Cette cotisation est à la charge du titulaire de la prestation de remplacement, la retenue ne peut avoir pour effet de réduire le montant de l'avantage en dessous d'un certain seuil. En fonction du montant de l'indemnité la retenue est intégrale, partielle ou n'est pas effectuée.
Par ailleurs, il est également perçu une cotisation spéciale de 8,86 %, calculée sur tous les versements effectués par les employeurs en vue d'allouer à leur personnel des avantages extralégaux en matière de retraite ou de décès prématuré.
Enfin, la cotisation de solidarité (de 0,5 % à 2%) perçue sur les pensions supérieures à un certain plafond contribue également au financement des pensions légales.
Pour des raisons qui tiennent à la formation historique du système, dans la cotisation globale, le salarié ne participe pas au financement des prestations familiales qui sont entièrement à la charge des employeurs.
A côté de la cotisation globale et de la cotisation spéciale, de nombreuses recettes sont affectées au secteur de l'emploi et du chômage (cotisation spéciale à charge de l'employeur sur la pré-pension conventionnelle, cotisations à charge des employeurs occupant des travailleurs à temps partiel involontaires).